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    大家好！今天普拉特澤生物繼續(xù)跟大家一起學(xué)習(xí)新的技術(shù)——RNAi研究策略與siRNA的設(shè)計(jì)。
RNAi（RNA干擾）是一種強(qiáng)大的生物學(xué)工具，用于研究基因功能、疾病治療等領(lǐng)域。在shRNA,siRNA等小RNA的介導(dǎo)下，RNAi能夠特異性的調(diào)控mRNA在表觀遺傳學(xué)水平，轉(zhuǎn)錄水平以及轉(zhuǎn)錄后水平的表達(dá)。
一、siRNA和shRNA的簡介
小干擾RNA（Small interfering RNA，簡稱siRNA）是一類雙鏈RNA分子，長度通常在20到25個(gè)核苷酸之間。siRNA由兩條互補(bǔ)的RNA鏈組成，每條鏈的3'端通常具有兩個(gè)未配對的核苷酸（通常是UU）。

siRNA

短發(fā)夾RNA（short hairpin RNA，簡稱shRNA）是一種具有環(huán)狀結(jié)構(gòu)的RNA分子。shRNA由兩個(gè)短反向重復(fù)序列和一個(gè)中間的莖環(huán)（loop）序列組成，整體呈發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)。shRNA通常由pol Ⅲ啟動子控制轉(zhuǎn)錄。

shRNA

shRNA表達(dá)載體

RNAi是一種由雙鏈RNA（dsRNA）介導(dǎo)的、序列特異性的基因沉默機(jī)制。當(dāng)細(xì)胞中存在與靶基因mRNA序列互補(bǔ)的dsRNA時(shí)，這種dsRNA會被細(xì)胞內(nèi)的Dicer酶切割成多個(gè)具有特定長度和結(jié)構(gòu)的小片段RNA，即小干擾RNA（siRNA）。這些siRNA隨后與RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合物（RISC）結(jié)合，形成活化的RISC復(fù)合物。RISC復(fù)合物具有核酸酶的功能，能夠識別并切割與siRNA互補(bǔ)的靶mRNA序列，導(dǎo)致靶mRNA的降解，從而抑制靶基因的表達(dá)。dsRNA可以通過多種方式引入細(xì)胞，如人工合成、病毒侵染、轉(zhuǎn)基因表達(dá)等。
一、RNAi研究策略
1. 直接合成siRNA

方法：通過化學(xué)方法合成針對靶基因的siRNA，然后通過轉(zhuǎn)染試劑將其導(dǎo)入細(xì)胞內(nèi)，引發(fā)RNAi效應(yīng)。

2. 構(gòu)建shRNA表達(dá)載體

方法：將短發(fā)夾RNA（shRNA）序列克隆到質(zhì)粒或病毒載體中，轉(zhuǎn)染細(xì)胞后，在細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄生成shRNA，再被Dicer酶切割成siRNA，發(fā)揮RNAi作用。

3.構(gòu)建shRNA病毒表達(dá)載體

方法：利用腺病毒、腺相關(guān)病毒、慢病毒等病毒載體，將shRNA序列包裝成病毒顆粒，感染細(xì)胞后表達(dá)shRNA。

二、shRNA設(shè)計(jì)步驟
設(shè)計(jì)原則：

當(dāng)選擇U6啟動子時(shí)，建議靶向序列以G堿基開頭，以確保RNA聚合酶的有效轉(zhuǎn)錄。

避免選擇GC含量過高或過低的區(qū)域，因?yàn)檫@可能影響shRNA的穩(wěn)定性和干擾效率

在正義鏈和反義鏈序列上不能出現(xiàn)連續(xù)的3個(gè)或者3個(gè)以上的T，這可能導(dǎo)致RNA polⅢ的轉(zhuǎn)錄提前終止

需要在shRNA序列的尾部加入5-6個(gè)T作為RNA聚合酶III的轉(zhuǎn)錄終止子，以確保轉(zhuǎn)錄的精確結(jié)束。

shRNA引物設(shè)計(jì)步驟：（載體為pPLKO.1為例）

今天關(guān)于RNAi研究策略與siRNA的設(shè)計(jì)就分享到這兒啦~如果您在實(shí)驗(yàn)過程中遇到技術(shù)問題，或者需要實(shí)驗(yàn)外包和代做，可與我們技術(shù)老師聯(lián)系18570028002（微信同號）