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        今天普拉特澤生物帶大家學(xué)習(xí)的是DNA甲基化檢測(cè)的六種方法及各自的優(yōu)勢(shì)，文尾附有視頻教程供大家學(xué)習(xí)~理論知識(shí)不夠熟練的同學(xué)請(qǐng)全文背誦。普拉特澤生物表達(dá)檢測(cè)平臺(tái)專業(yè)承接DNA甲基化檢測(cè)代做服務(wù)，本文根據(jù)我們承接的多例DNA甲基化代測(cè)實(shí)驗(yàn)，總結(jié)出六種我們常用的適用于不同DNA甲基化研究方向的解決方案，供大家參考學(xué)習(xí)：

        1、全基因組重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序（WGBS）

        全基因組重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序（WGBS）可以在全基因組范圍內(nèi)精確的檢測(cè)所有單個(gè)胞嘧啶堿基（C堿基）的甲基化水平，是DNA甲基化研究的金標(biāo)準(zhǔn)。WGBS能為基因組DNA甲基化時(shí)空特異性修飾的研究提供重要技術(shù)支持，能廣泛應(yīng)用在個(gè)體發(fā)育、衰老和疾病等生命過(guò)程的機(jī)制研究中，也是各物種甲基化圖譜研究的首選方法。

        技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

        l 應(yīng)用范圍廣：適用于人和大多數(shù)動(dòng)植物研究（參考基因組已知）

        l 全基因組覆蓋：最大限度地獲取完整的全基因組甲基化信息，精確繪制甲基化圖譜

        l 單堿基分辨率：可精確分析每一個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)

        2、精準(zhǔn)DNA甲基化和羥甲基化測(cè)序（oxBS-seq）

        DNA羥甲基化是近年發(fā)現(xiàn)的一種新的DNA修飾并迅速成為研究熱點(diǎn)。隨著研究的深入，發(fā)現(xiàn)之前被認(rèn)為是檢測(cè)DNA甲基化“金標(biāo)準(zhǔn)”的重亞硫酸鹽測(cè)序并不能區(qū)分DNA甲基化（5mC）和DNA羥甲基化（5hmC）。易基因聯(lián)合劍橋大學(xué)建立了化學(xué)氧化法結(jié)合重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的測(cè)序技術(shù)（oxidative bisulfite sequencing, oxBS-Seq），該技術(shù)不僅可以精確檢測(cè)DNA甲基化，排除DNA羥甲基化的影響，還可以雙文庫(kù)結(jié)合同時(shí)單堿基分辨率精確檢測(cè)DNA羥甲基化。

        技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

        l DNA甲基化檢測(cè)全新的“金標(biāo)準(zhǔn)”

        l 全基因組單堿基檢測(cè)DNA羥甲基化修飾

        l 多重標(biāo)準(zhǔn)驗(yàn)證高氧化效率和高Bisulfite轉(zhuǎn)換率

        l 實(shí)驗(yàn)偏好性低，重復(fù)性高（R2>0.98）

        l 可滿足多種測(cè)序應(yīng)用需求：簡(jiǎn)化基因組氧化甲基化測(cè)序（oxRRBS），目標(biāo)區(qū)域氧化甲基化測(cè)序（Target-oxBS）

        3、簡(jiǎn)化甲基化測(cè)序（RRBS/dRRBS/XRBS）

        簡(jiǎn)化甲基化測(cè)序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS）是利用限制性內(nèi)切酶對(duì)基因組進(jìn)行酶切，富集啟動(dòng)子及CpG島等重要的表觀調(diào)控區(qū)域并進(jìn)行重亞硫酸鹽測(cè)序。該技術(shù)顯著提高了高CpG區(qū)域的測(cè)序深度，在CpG島、啟動(dòng)子區(qū)域和增強(qiáng)子元件區(qū)域可以獲得高精度的分辨率，是一種準(zhǔn)確、高效、經(jīng)濟(jì)的DNA甲基化研究方法，在大規(guī)模臨床樣本的研究中具有廣泛的應(yīng)用前景。為了適應(yīng)科研技術(shù)的需要，我們進(jìn)一步開(kāi)發(fā)了可在更大區(qū)域內(nèi)捕獲CpG位點(diǎn)的雙酶切RRBS（dRRBS），可研究更廣泛區(qū)域的甲基化，包括CGI shore等區(qū)域。

        技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

        l 精確度高：在其覆蓋范圍內(nèi)可達(dá)到單堿基分辨率。

        l 重復(fù)性好：多樣本的覆蓋區(qū)域重復(fù)性可達(dá)到85%-95%，適用于多樣本間的差異分析。

        l 性價(jià)比高：測(cè)序區(qū)域針對(duì)高CpG區(qū)域，數(shù)據(jù)利用率更高。

        4、單/微量細(xì)胞全基因組甲基化測(cè)序（scWGBS）

        單細(xì)胞及微量樣本的DNA甲基化組學(xué)研究很大程度上受制于建庫(kù)測(cè)序技術(shù)。傳統(tǒng)的文庫(kù)構(gòu)建方法或類似于基因組DNA的單細(xì)胞擴(kuò)增技術(shù)很難應(yīng)用到甲基化實(shí)驗(yàn)過(guò)程中。易基因建立了基于線性擴(kuò)增和單管建庫(kù)的技術(shù)，可充分降低文庫(kù)偏好性，準(zhǔn)確的完成珍貴樣本的全基因組甲基化研究。

        技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

        l 超低起始量：?jiǎn)渭?xì)胞或超低的建庫(kù)DNA起始量

        l 測(cè)序覆蓋度高 ：最大限度地獲取完整的全基因組甲基化信息，精確繪制甲基化圖譜

        l 單堿基分辨率：可精確分析每一個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)

        5、擴(kuò)增子（羥）甲基化測(cè)序

        擴(kuò)增子（羥）甲基化技術(shù)針對(duì)基因組上特定的DNA序列設(shè)計(jì)甲基化特異性擴(kuò)增引物（如感興趣的基因等），基因組DNA進(jìn)行（氧化）重亞硫酸鹽處理后，PCR擴(kuò)增檢測(cè)片段，擴(kuò)增產(chǎn)物通過(guò)二代高通量測(cè)序，更精準(zhǔn)的檢測(cè)基因區(qū)域的甲基化狀態(tài)。

        技術(shù)優(yōu)勢(shì)

        l 準(zhǔn)確性高：可滿足幾個(gè)到上百個(gè)基因/CpG 位點(diǎn)的檢測(cè)，其覆蓋范圍內(nèi)可達(dá)到單堿基分辨率，覆蓋深度超高（位點(diǎn)平均覆蓋深度>300X）。

        l 性價(jià)比高：低成本、周期短，超高性價(jià)比。

        l 針對(duì)性強(qiáng)：適用于特定基因或者位點(diǎn)甲基化狀態(tài)的檢測(cè)。

        l 應(yīng)用廣泛：廣泛用于臨床樣本多位點(diǎn)的甲基化 Biomarker 篩選、驗(yàn)證及臨床轉(zhuǎn)化應(yīng)用。

        6、（羥）甲基化DNA免疫共沉淀測(cè)序(h)MeDIP-seq

        5hmC是新發(fā)現(xiàn)的一種的修飾堿基，由TET家族的酶通過(guò)氧化5mC產(chǎn)生的。5hmC不僅能夠降低MeCP蛋白的甲基化結(jié)合結(jié)構(gòu)域（MBD） 與甲基化DNA的親和性，具有潛在的參與基因表達(dá)調(diào)控的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)功能，而且參與了DNA去甲基化過(guò)程。

        技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

        l 檢測(cè)范圍廣：全基因組范圍鑒定甲基化修飾區(qū)域

        l 針對(duì)性強(qiáng)：針對(duì)性檢測(cè)基因組內(nèi)具有甲基化修飾的區(qū)域

        l 成本低：大大降低了測(cè)序數(shù)據(jù)量，測(cè)序成本低

        那么關(guān)于DNA甲基化檢測(cè)的六種實(shí)驗(yàn)方案我們就總結(jié)到這里啦，還有想要學(xué)習(xí)DNA甲基化檢測(cè)的同學(xué)可以點(diǎn)擊《甲基化檢測(cè) 理論+實(shí)操》進(jìn)行更深入的學(xué)習(xí)~本文就到這里啦，再見(jiàn)！