SNP檢測常見問題答疑下篇
2022-08-09 19:14:35
來源/作者：普拉特澤-生物醫(yī)學(xué)整體課題外包平臺
大家好，今天普拉特澤生物繼續(xù)跟大家一起學(xué)習(xí)關(guān)于SNP檢測的各種方法下篇，本文由普拉特澤生物—表達(dá)檢測平臺總結(jié)分享，表達(dá)監(jiān)測平臺專業(yè)承接SNP檢測等各種實驗外包服務(wù)，實操經(jīng)驗豐富質(zhì)量上乘。如果您有疑問的問題可以看看SNP檢測常見問題答疑上篇，話不多說來看看吧！
問題一：SNP的研究思路是怎樣的？
答：首先尋找研究相關(guān)的 SNP 位點
(1) 如果是單基因遺傳，特別是罕見遺傳的疾病，可以通過外顯子測序?qū)σ粋€家系的幾個個體進行測序，篩選低頻突變，隨后找那種能改變蛋白功能的突變，最后做共分離分析。
(2) 如果是多基因病或者質(zhì)量性狀定位，那么兩個方法，一是，全基因組關(guān)聯(lián)分析GWAS，用散發(fā)型個體，做關(guān)聯(lián)分析。不過這種方法要的樣本量比較大，一般都要大幾百個，多的都要好幾千。二是，基因家系的連鎖分析，這個主要是定位，然后再后續(xù)做一些東西，一般用芯片或者全基因組重測序或者簡化基因組測序。
(3) 還可以通過參考資料鎖定研究相關(guān)的基因，通過數(shù)據(jù)庫查到基因內(nèi)部的 SNP 位點。
(4) 查找相關(guān)的參考文獻(xiàn)，找到研究相關(guān)的 SNP 位點。
然后，開始進行SNP位點驗證，采用對照組和實驗組的大量樣本，驗證尋找到的實驗相關(guān)的 SNP 位點。
(1) SNaPshot 法：基于多重PCR和ABI 3730xl 測序平臺的 SNP 分型檢測。
(2) 直接測序法：基于一代測序平臺的SNP分型檢測。
(3) 質(zhì)譜法：基于Sequenom平臺的SNP分型檢測。
(4) Taqman探針法：基于熒光定量PCR儀平臺的SNP分型檢測，等等。
最后根據(jù)已有的對照組和實驗組的SNP分型結(jié)果與實驗?zāi)康倪M行關(guān)聯(lián)分析：
(1) 與疾病的關(guān)聯(lián)分析等。
(2) LOH分析。
(3) 遺傳連鎖分析。
(4) 單倍型分析。
還可以進行包括HW平衡分析、聚類分析、品種鑒定、單體型分析等數(shù)據(jù)分析。
問題二：想要在SCI雜志上發(fā)表影響因子大于5的SNP文章，需要做哪些準(zhǔn)備工作？
答：除了前面說的研究方法、研究思路及使用恰當(dāng)?shù)墓δ茯炞C方法外，對于疾病研究、病理樣本和對照樣本要有非常大的樣本量，通常是幾百例，最好是大于1000例。另外，一定要結(jié)合相關(guān)的環(huán)境風(fēng)險因素一起進行統(tǒng)計學(xué)分析，比如LD，單體型分析等等。
問題三：如何篩選SNP位點？
對于候選SNP的篩選，有很多種考慮，總的趨勢和出發(fā)點是能夠涵蓋的SNP越多越好。
(1) 選擇minority allele頻率大于5%。
(2) 正式試驗前可選30人左右的人群做該基因的測序，看看有沒有和數(shù)據(jù)庫不一致的SNP。
(3) 除了TagSNP外，還可選擇進化保守區(qū)的SNP。
(4) 看看該區(qū)域內(nèi)有沒有其他人群相關(guān)功能或易感陽性SNP的報道。
(5) 改變氨基酸編碼的SNP。
目前更傾向于篩選對于某一疾病的重要候選基因，對其基因全長進行重新測序(這一過程稱為SNP rediscovery 或者是SNP resequencing)，然后選出有意義的位點再進行genotype，并構(gòu)建haplotype。
問題四：SNP的功能驗證？
答：SNP的相關(guān)性分析只是通過樣本得到的信息經(jīng)統(tǒng)計分析而得到的結(jié)論，但是是否真的具有生物學(xué)功能需要有功能驗證試驗，這樣以后的實用性將更大，也更具有說服力。
SNP功能驗證經(jīng)典的驗證方法是模式生物，基因定點敲出，但費用高、周期長，還不一定能模擬出表型，或者是做生物信息分析，然后研究功能通路的改變，再用實驗驗證，這個方法最大的問題是基因表達(dá)的改變一般都需要組織，而有些復(fù)雜疾病很難取到組織。
好啦，那關(guān)于SNP實驗的所有問題咱們就回答到這里啦！如果還是沒有覆蓋到您的疑問或者您有SNP檢測代做的需求，可以隨時給客服留言，我們會在最短的時間內(nèi)聯(lián)系回復(fù)到您，期待您的留言~
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